Yo creo que hay diferentes maneras de explicar algo que existe en una manera o en la otra.
A nivel electromagnético hay estudios que  prueban que hay áreas del cuerpo que crean diferentes radiaciones en diferentes momentos y estados de salud, a nivel psicológico las meditaciones o los pensamientos, las intenciones pueden alterar en manera positiva o negativa el funcionamiento del cuerpo, y el cuerpo puede afectar el pensamiento a través de un funcionamiento limitado o hiperactivo un órgano.
A nivel energético los tres, siete, ocho, doce chakras son puntos energéticos que crean y mantienen conectados el ser humano a través de sus diferentes cuerpos. El físico y los sutiles.
Trabajando en diferentes manera con estos centros de energía que nos conectan con las diferentes naturalezas de nosotros mismos y del universo, podemos alcanzar mejoramientos físicos y psicológicos importantes.
Y si no fuera así los chakras pueden simplemente ser una manera de llamar simbólicamente funciones y órganos de nuestro cuerpo. Como sistema alternativo, o lenguaje alternativo, permite la difusión de técnicas de bienestar muy eficaces. Luego la experiencia de estos centros energéticos es muy personal y de las teorías energéticas como están tan conectados a nuestro nivel físico (son como puentes) pienso que cada uno tendría que encontrar su manera de percibirlos y describirlos.